A linha Tōkaidō do Shinkansen começou a ser construída em 1959 com o objetivo de inaugurar o trem mais rápido da época, pouco antes das Olimpíadas de 1964 de Tóquio.
Em Shinkansen: Zero Kei, os jogadores assumem o papel de seus construtores. Eles se encarregarão de construir esta linha ferroviária histórica e todas as suas estações correspondentes. Eles também podem ajudar as instalações olímpicas em sua preparação para os Jogos. O jogador que provar ser o mais eficiente em sua função será declarado o vencedor.
Em cada rodada de um jogo de Shinkansen , você construirá seu próprio trem-bala, cada carta de carruagem que adicionar ao seu trem fornecerá uma ação ou uma habilidade. Essas ações permitirão principalmente construir trilhos e estações, colaborar na preparação das instalações olímpicas e obter novas cartas de transporte. As cartas de transporte estão associados às cidades pelas quais a linha passa. Se você conseguir construí-los na ordem correta, você será recompensado em pontos de vitória. Após cinco rodadas, correspondentes aos cinco anos de construção da linha, vence o jogador com mais pontos de vitória.